上海璟因生物科技有限公司 http://180.163.82.122 上海璟因生物科技有限公司官网 Fri, 27 Sep 2024 07:18:31 +0800 zh-CN hourly 1 https://www.s-cms.cn/?v=4.7.5 发展历程 Fri, 27 Sep 2024 07:18:31 +0800

2017    ——    上海璟因生物科技有限公司成立,位于上海市浦东新区国际医学园区


2020    ——    公司迁址到闵行区零号湾,开启新的征程

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公司文化 Fri, 27 Sep 2024 07:18:31 +0800 优爱精神 — 严谨、求精、勤奋、奉献

 

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公司简介 Fri, 27 Sep 2024 07:18:31 +0800         上海璟因生物科技有限公司总部位于上海市闵行区。是一家致力于开发基因芯片、NGS建库、高通量测序和微流控技术在生殖健康领域临床应用的高科技公司。专注于分子诊断相关试剂仪器解决方案的自主研发、生产和销售。公司核心团队包括曾深耕国内一线临床诊断市场销售的资深人士以及曾担任多家国外分子诊断巨头公司重要职务的技术专家。目前已经开发出用于辅助生殖领域的胚胎植入前筛查的微阵列芯片系统 、用于产前诊断染色体筛查的微阵列芯片系统、血液肿瘤染色体筛查的微阵列芯片系统、单基因遗传病的高通量测序试剂盒、流产物遗传原因筛查试剂盒及各类分析软件等。

        公司长期和安捷伦公司长期深度合作,安捷伦是二代测序靶向捕获领域的行业领导者。安捷伦人类全外显子组捕获产品具有最广泛的用户群和良好的口碑。凭借出色的靶向捕获探针设计、定制与生产能力,以及与全球知名院校的广泛合作,安捷伦不断推出针对遗传性疾病、临床研究和癌症的多样化捕获panel。SureSelect人全外显子 V6是安捷伦推出的覆盖最全面的人外显子组捕获panel,覆盖靶标大小58Mb,SureSelect人全外显子V6 + COSMIC的靶标大小达64Mb,主要数据库的覆盖率超过99%,并可实现定制化。配合安捷伦的Bravo NGS自动建库工作站,可以实现新一代测序 (NGS) 的文库制备和序列捕获,Bravo NGS自动工作站可以在不影响数据质量的前提下大幅提高通量,将研究人员从重复耗时的工作当中解放出来。

        公司具有的持续创新研发潜力,确保了我们后续产品线的逐渐扩展和产品质量的升级优化。未来,璟因生物将继续以“服务人类健康事业”为使命,为人民群众的健康提供优质的基因诊断产品,助力国家优生优育政策。



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NGS最新共识!二代测序技术在血液肿瘤中的应用中国专家共识(2018年版) Fri, 27 Sep 2024 07:18:31 +0800

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血液肿瘤是一类具有高度异质性的疾病,其诊疗需要结合形态学、免疫学、遗传学和分子生物学进行综合分析。二代测序(Next-generation sequencing, NGS)作为新的分子生物学技术,具有通量高、灵敏度高、成本低等优势,是探索血液肿瘤的分子发病机制并指导临床诊疗的重要手段。

 

为推动NGS在血液肿瘤诊疗中的应用,提高诊疗水平,中国抗癌协会血液肿瘤专业委员会、中华医学会血液学分会、中华医学会病理学分会组织国内相关的血液、病理和检验专家,结合国外权威资料和已积累的大样本数据,制订了NGS在血液肿瘤中应用的中国专家共识。

 

血液肿瘤中常见的分子生物学异常主要包括基因突变、融合基因及基因异常表达。目前NGS在基因突变的检测方面应用最为广泛和成熟,本共识仅涉及基因突变的检测。

 

一、NGS在血液肿瘤诊疗中的应用价值

1.诊断分型:

基因突变的检测在急性髓系白血病(AML)伴重现性遗传学异常、遗传易感性髓系肿瘤、骨髓增殖性肿瘤(MPN)、骨髓增生异常综合征伴环形铁粒幼红细胞(MDS-RS)、毛细胞白血病(HCL)和淋巴浆细胞淋巴瘤/华氏巨球蛋白血症(LPL/WM)的诊断中具有关键性的作用,对于其他血液肿瘤则起到辅助诊断的作用[1,2,3,4,5,6,7,8]。

 

2.预后判定:

基因突变是各类血液肿瘤预后判断的重要依据,目前NCCN指南已提出了基于基因突变的AML预后分层体系[1]。此外,MDS、MPN、MDS/MPN、急性淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤(CLL/SLL)、LPL/WM、大颗粒淋巴细胞白血病(LGLL)中,已经证实了一些具有明确预后意义的突变基因[2,3,4,5,6,7,8]。其他血液肿瘤中突变基因的预后意义尚有待于进一步研究。

 

3.指导治疗:

一方面,基因突变检测可提供分子治疗靶点,对应靶向药物进行治疗,目前已有基于突变基因的靶向药物应用于临床或处于临床试验阶段,其中FLT3、IDH1/2、BRAF及JAK-STAT信号通路相关的突变基因已有靶向药物上市[1,4,5];

 

另一方面,基因突变可以导致对某些药物的敏感或者耐受,及时检测有助于治疗方案的调整。例如,TP53突变的CLL/SLL患者对常规化疗反应差,MYD88和CXCR4基因突变可影响伊布替尼在LPL/WM中的治疗效果,ABL1激酶区突变是慢性髓性白血病(CML)和Ph+ ALL酪氨酸激酶抑制剂(TKI)耐受的主要机制之一[4,7,8]。

 

4.微小残留病(MRD)监测:

基因突变是MRD监测的分子标志物之一[9]。虽然实时定量PCR方法和流式细胞学是目前主流的MRD监测方法,但是由于NGS灵敏度随测序深度加深可进一步提高,在MRD监测方面具有更大的优势。

 

5.克隆演变:

血液肿瘤在发展过程中会伴随动态的克隆演变,或是基因突变负荷的改变,或是新的突变基因的出现,及时监测基因改变,有助于了解疾病进展并调整治疗方案[10]。

 

 

 

二、基本流程

(一)检测的基因种类列表设计

1.检测的基因:

血液肿瘤相关检测基因由临床血液肿瘤专家和实验室专家共同制定,主要依据中国抗癌协会、中华医学会、WHO、NCCN等机构发布的血液系统疾病诊疗指南或者专家共识。对于其他权威文献报道的重要基因,可在验证之后纳入基因列表。

 

血液肿瘤易感的胚系突变基因,根据检测需求可以纳入,例如CEBPA、DDX41、RUNX1、ETV6、GATA2等基因除了可发生体细胞突变外,发生胚系突变可导致髓系肿瘤的易感[2,4]。检测基因的数量应在满足临床需求的基础上,综合疾病类型、实验技术、样本数量以及检测成本达到最优化的设计[11,12]。随着基础及临床研究的不断深入,检测的基因种类亦需随之更新。

 

2.检测区域:

被检测的基因所覆盖区域可参考临床诊疗指南、权威数据库、文献及实验室自建数据库等。首先应纳入基因热点突变区域或重要结构域的编码区域,例如NPM1基因c.860_863为热点突变区域,NOTCH1基因突变最多见于HD结构域及ΔPEST结构域[13];无明确热点突变区域或突变位点分布比较分散的基因,应检测全部外显子,例如TP53、RUNX1等;剪接位点突变有可能导致外显子跳跃,影响蛋白功能,建议根据数据库记录和文献报道将剪接位点±5 bp的区域纳入检测范围;对于存在非翻译区(UTR)突变的基因,例如BCL6,则应纳入相应区域检测[14]。需要注意的是,对于不能覆盖的热点突变类型或重要区域可通过其他检测方法进行补充,并在检测报告中明确说明。

 

(二)实验流程

1.样本采集:

疑诊为血液肿瘤的患者,初诊时应留存新鲜骨髓、外周血或组织样本,以备进行NGS检测,未留存者可使用初诊时的骨髓涂片进行检测。骨髓采集量以1~3 ml为宜,外周血采集量3~5 ml为宜,若白细胞计数偏高或偏低,应适当调整采集量,使单个核细胞总数达到1×107以上。抗凝剂首选EDTA抗凝剂或枸橼酸钠抗凝剂,禁止使用肝素抗凝,推荐24 h内4 ℃冷藏运送。福尔马林固定后的组织标本需选择肿瘤成分,切片厚度8~10 µm,5~8片为宜,常温运输。已染色标本不推荐进行NGS检测。条件允许的病例,可从同一患者采取正常组织作为胚系突变对照。

 

2.DNA提取:

DNA质量是NGS检测成功的关键因素,同一患者的不同病灶组织、不同组织切片应分别单独进行DNA提取,并对DNA质量进行评估,包括浓度、纯度和完整性分析。由于FFPE组织标本以及骨髓涂片所提取的DNA易片段化,且因保存环境及保存时间不同,导致DNA片段化的程度参差不齐,因此各实验室应具有相应的方法检测DNA的完整性或降解程度,并设立明确的合格样本标准[11]。

 

3.文库制备:

文库制备用于目标区域的富集,主要有杂交捕获法和扩增子建库法,无论采用何种方法制备文库,均需使用已验证过的建库试剂[15]。多标本同时测序应有相应的分子标签用于区分不同的测序标本,明确不同的检测标本和分子标签的一一对应关系;必要时,可对加标签的方法及试剂进行说明[16]。文库浓度过高会导致多克隆数据的产生,降低有效测序数据量;过低会导致整体测序数据的减少,因此在测序之前推荐使用实时定量PCR或其他方法对文库进行定量,将文库浓度调整至合适的水平。每个检测项目应设定其文库质量的要求,并设立明确的合格文库标准。

 

4.上机检测:

目前测序主要有电位检测和光学检测两种基本原理,检测DNA合成过程中释放的氢离子或荧光信号。为保证测序质量、检测区域覆盖深度及报告时效性,需要根据样本数量和质量选取适当的测序平台和芯片。

 

(三)生物信息学分析流程

1.质控分析:

由测序平台产生的原始数据通常会存在碱基召回错误、插入删除错误、低质量读段(reads)及接头污染等问题,会在一定程度上影响下游的分析过程。因此,在对测序结果进行具体的生物信息学分析之前,要先对下机数据进行质量评估,制定有效的质量控制标准,包括碱基的质量Q20、目标区域平均测序深度、均一性等评价参数。血液肿瘤的基因突变检测,测序深度应≥500×,平均测序覆盖度、均一性以及在靶率均≥90%。

 

2.数据过滤:

低质量读段会影响下游的序列处理和分析,因此需要对测序数据进行过滤处理。数据过滤所针对的读段主要有四种:测序质量低的读段(low quality reads),重复读段(duplicate reads),含有核苷酸的插入、删除和替换等错误的读段(insertion/deletion/mismatch)和带有人工污染的读段(adaptor等)。常用的数据过滤软件有Trimmomatic、Fastx_toolkit、NGS QC Toolkit等。

 

3.序列比对:

当读段经过质控与过滤等步骤达到一定的质量标准之后,需要将其比对到参考基因组上。目前普遍参考的人类基因组参考序列为Human hg19。不同的比对方法根据不同的比对策略设计了不同的算法,常用的比对程序软件有MAQ、BWA、Bowtie/Bowtie2、SOAP/SOAP2、mrFAST和Stampy等,实验室应当选取合适的比对软件,建立完善的实验室比对流程。

 

4.突变位点注释:

突变位点识别常借助于Samtools、GATK等识别工具。对突变位点的注释内容包括功能信息、频率信息、软件预测结果信息以及疾病数据库信息,常用的包括Ensembl、RefSeq、GENCODE、dbSNP、1000genomes、ESP、ExAC、COSMIC、HGMD、Clinvar、polyphen和SIFT等。

 

5.突变位点筛选:

筛选与鉴别疾病相关突变位点需要经过严格的筛选流程,至少需要排除低质量变异、未有明确意义的非编码区变异、同义单核苷酸变异(SNV)及已知健康人群中的基因多态性位点。

 

(四)报告内容

1.基本信息:

报告中除患者信息、标本信息、送检日期、报告署名及日期等一般资料外,还应包括:检测基因列表、检测区域及突变类型;使用的检测平台、目标区域的富集方法、平均测序深度、数据分析软件名称及版本号;对相关专业术语进行解释说明;本实验室报告突变位点的规则、检测方法的局限性、检测灵敏度和准确度等;注明是否通过其他方法补充了NGS未覆盖或覆盖不佳的检测区域等[11,16]。

 

2.突变位点的描述:

突变位点信息应该包括基因名称、突变的物理坐标、cDNA的转录本号、外显子位置、符合人类基因组变异协会(HGVS)书写规范的突变类型、氨基酸突变类型、变异等位基因频率以及该突变位点的测序深度等[17]。参考序列推荐使用美国国立生物技术信息中心(National Center of Biotechnology Information)收录的参考序列。当使用各基因编码DNA参考序列描述突变时,推荐最常使用的经典转录本(canonical sequence)[18]。

 

3.突变位点分级报告:

不推荐将良性或可能良性突变在报告中报道。建议突变位点根据临床意义的明确性进行分级报告:

①一级变异:具有明确临床意义的突变,包括:国家食品药品监督管理总局(CFDA)、美国食品药品管理局(FDA)等机构批准的用药治疗靶点;血液肿瘤诊疗指南或专家共识中有明确诊断、治疗、预后意义的突变;尚未进入诊疗指南或专家共识,但有权威文献或大规模报道在血液肿瘤中具有诊疗意义的突变。

 

②二级变异:具有潜在临床意义的突变,包括:基于多个小规模研究报道在血液肿瘤中具有诊断、治疗或预后意义,但尚未达成共识的突变;新发现的疾病相关基因重要结构域的体细胞突变。

 

③三级变异:临床意义未明的突变,对于尚有争议的突变位点,实验室必须制定相关规则,可以发现突变即报告,并附上说明和意义;也可以不报告或只报告小部分突变结果,并附上说明、参考文献及数据库。

 

4.报告解读:

突变位点的临床意义解读要平实客观、清晰易懂。推荐写明突变位点的人群突变频率、蛋白功能危害性预测和疾病数据库的记录,根据疾病诊疗指南、专家共识和既往研究说明突变位点在临床诊断、治疗和预后评估中的意义,注明其相关药物及正在开展的状态信息,并附上数据库和参考文献来源。

 

对于胚系突变,除了疾病诊疗指南及重要参考文献外,推荐参考OMIM、HGMD和ACMG等数据库或学术机构中遗传疾病变异分类指导注释临床意义,并附上数据库和参考文献来源。阴性结果并不能完全排除患者不存在基因突变,可能是由于检出灵敏度或检测区域局限性所致,报告中应当以医师可以理解的方式对此予以说明[19]。

 

三、质量控制与管理

1.实验室要求:

NGS检测实验室的总体设计与要求应参考《分子病理诊断实验室建设指南(试行)》、《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》等行业文献和要求。检测人员、生物信息分析人员、报告分析人员和提供咨询人员应具备相应专业背景且经过相应培训取得上岗资质[20]。实验室区域设置和环境需要满足实验环节和仪器要求。NGS检测试剂及测序平台应首选CFDA认可的产品。涉及实验室自配试剂、探针等,应该有严格的试剂制备标准操作规程(SOP),并经过临床实验室自建项目(LDT)验证合格后方可使用[11,18,21,22]。

 

2.质量控制:

NGS实验室应建立质量管理体系,对于标本采集和处理、实验操作、生物信息分析和报告分析各个环节均需要建立SOP文件,实验操作程序和生物信息分析须经过性能验证或确认[15]。

 

 

实验环节需要设置阴/阳性对照。阳性对照一般采用包含已知突变信息的混合样本作为质控材料,并且其中应当包含最低检测限的突变位点,实验时同时进行检测,以确保其检出能力。阴性对照一般采用明确无突变或无核酸的样本作为质控材料,实验时同时进行检测,以确保实验过程中无污染及无非特异性。

实验室应定期参加相应检测项目的室间质量评价或能力验证;若无法实现,应通过与其他实验室(如使用相同检测系统的实验室)比对的方式,判断检验结果的可接受性。

 

样本质量问题、检测过程的不确定因素以及数据分析可能存在的漏洞,都可能导致检测结果中存在假阳性或者假阴性。实验室需要确定适宜的cut off值,在cut off值以上的结果可以采用自动化结果,但若出现比较疑似单碱基插入或缺失的未知突变,建议进行人工核对,并采用Sanger测序、ARMS-PCR、数字PCR等方法进行验证。而对于cut off值以下的有意义位点必须进行人工核对,同时采用ARMS-PCR、数字PCR或二次建库/测序方法进行验证[18]。很多实验室的NGS测序平台都可能会出现一定数量的"实验室特异性"的突变,此类突变是该检测系统特有的假阳性突变,应在报告时予以剔除。

 

3.信息系统:

信息系统的功能应满足临床需要,包括数据分析、存储、传输及安全性等。生物信息分析流程应包括所有的算法、软件、脚本、参考序列和数据库,可以是内部的、供应商开发的或开源的。实验室应有记录NGS生物信息分析步骤的书面程序用来分析、解释、报告NGS检测结果,且针对每份NGS病例数据分析报告,需要设立追溯机制,确保检测中涉及的生物信息数据分析流程能够追溯[11,15]。实验室应规定原始序列核心数据的保存期限,并在医师要求或患者检测需要时,允许实验室间重新分析、重新注释及重新解释。同时应确保NGS数据内部和/或外部存储、转移的保密性以及数据的完整性。

 

4.样本管理:

检测后剩余的核酸样品应尽量长期保存,以备必要时复查,同时也为开展科研工作提供条件[11,18]。有条件的实验室可建立自己的样本库,样本库的建立需按照相关规定进行,标本的信息需完整,所有信息须由专人负责,并完善各项书面记录。

 

四、总结

随着分子生物学在血液肿瘤发病机制和临床诊疗研究的不断深入,NGS在血液肿瘤中的应用将会越来越广泛和高效。本共识阐述了NGS在血液肿瘤中应用的基本原则和总体流程,并对血液肿瘤的临床诊疗提供有效帮助。NGS在未来的技术、分析内容和结果解读方面会不断进步和完善,在血液肿瘤的实践应用过程中也会带来各种挑战。

 

 


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染色体微阵列分析技术在产前诊断中的应用专家共识 Fri, 27 Sep 2024 07:18:31 +0800  

2010年,国际细胞基因组芯片标准协作组(International Standards for Cytogenomic Arrays Consortium,ISCA Consortium)在研究了2 1 698例具有异常临床表征,包括智力低下、发育迟缓、多种体征畸形以及自闭症的先证者的基础上,发现aCGH技术对致病性CNV的检出率为12.2%,比传统G显带核型分析技术的检出率提高了10%。因此ISCA Consortium推荐将aCGH作为对原因不明的发育迟缓、智力低下、多种体征畸形以及自闭症患者的首选临床一线检测方法。近年来,CMA技术在产前诊断领域中的应用越来越广泛,很多研究也证明了该技术具有传统胎儿染色体核型分析方法所无法比拟的优势。CMA对非整倍体和不平衡性染色体重排的检出效率与传统核型分析方法相同,并具有更高的分辨率和敏感性,且CMA还能发现额外的、有临床意义的基因组CNV,尤其是对于产前超声检查发现胎儿结构异常者,CMA是目前最有效的遗传学诊断方法。基于上述研究结果,不少学者认为,CMA技术有可能取代传统的核型分析方法,成为产前遗传学诊断的一线技术。但到目前为止,尚缺乏基于人群的大规模应用研究结果。

 

目前,在国内CMA只有少数具有技术条件和资质的医疗机构进行了小规模的探索,大致有以下几类临床应用情况:

1.儿童复杂、罕见遗传病,如:智力障碍、生长发育迟缓、多发畸形、孤独症样临床表现,排除染色体病、代谢病和膪眭x综合征之后的全基因组CNV检测。

2.对自然流产、胎死宫内、新生儿死亡等妊娠产物(product of concept,POC)的遗传学检测。

3.对产前诊断中核型分析结果异常,但无法确认异常片段的来源和性质者进行DNA水平的更精细分析。

4.对产前超声检查异常而染色体核型分析结果正常的胎儿进一步行遗传学检测。

 

 

在产前诊断领域中,CMA的应用主要在后两种情况中。虽然目前应用研究的范围不广,积累的例数也不多,但却显现出一些问题的存在,主要表现在:

1.在部分开展应用的医疗机构,对CMA检测前和检测后的产前咨询能力存在不足。

2.对CMA检测结果的临床意义的判读能力不足,尤其是对临床意义不明确的CNV(variants of

unknown significance,VOUS)的判读和解释。

3.缺乏规范化的对CNV检测结果的验证工作。

4.新技术的发展、成熟和应用,必然会对现有的临床体系产生巨大的影响。随着CMA技术逐步进入产前诊断的临床实践,如何统一各级医务人员的认识,正确定位其适宜的临床应用适应证和禁忌证,确定该项技术在临床使用中的技术路线、产前咨询、规范应用等,以及指明下一阶段该领域的临床研究方向,均成为亟须解决的重要课题。在这种形势下,由中华妇产科杂志编辑委员会主办,北京协和医院产前诊断中心和四川大学华西第二医院产前诊断中心承办的“2013年产前分子诊断新技术专家研讨会”于2013年12月14日在成都召开,会议就CMA技术在产前诊断中临床应用问题的研究进展口吸其在国内应用存在的具体问题进行了深入而广泛的探讨,并形成了CMA技术在产前诊断中应用的专家共识。

 

一、CMA技术的临床应用适应证和禁忌证

1.产前超声检查发现胎儿结构异常是进行CMA检查的适应证,建议在胎儿染色体核型分析

的基础上进行,如核型分析正常,则建议进一步行CMA检查。

2.对于胎死宫内或死产、需行遗传学分析者,建议对胎儿组织行CMA检测,以提高其病因的检出率。

3.对于胎儿核型分析结果不能确定染色体畸变情况时,建议采用CMA技术进行进一步分析以明确诊断。

4.CMA应用于评估早、中孕期胎儿丢失原因的研究数据积累不足,暂不推荐使用。

5.CMA技术(特指具有SNP探针的平台)对于异常细胞比例>30%的嵌合体检测结果比较可靠,反之,对异常细胞比例<30%的嵌合体结果不可靠。

 

 

二、涉及CMA技术的产前诊断技术路线

对于产前超声检查发现有胎儿结构异常的患者,建议先行胎儿染色体核型分析和快速产前诊

断,如结果异常,则可直接发放诊断报告。如结果正常,则应进一步行CMA技术检测,对重要的CMA异常结果,应采用FISH技术对其进行验证,并在必要时对父母的外周血进行检测。

 

三、产前遗传咨询相关问题

虽然有关CMA技术在产前诊断中应用的研究结果令人鼓舞,但CMA也存在固有的局限性,主要表现在以下几个方面:(1)无法可靠地检出低水平的嵌合体。(2)无法检出平衡性染色体重排和大多数的基因内点突变。(3)aCGH检测平台无法检出三倍体。(4)CMA的阳性检出率仍然较低(并非所有病例都能发现具有临床意义的CNV),对于超声检查发现结构异常但胎儿染色体核型正常的病例,目前CMA增加检出致病性CNV的比例<10%。(5)最主要的难点是对VOUS的判读和解释,其中部分情况是罕见的新生突变,部分与突变基因的外显率有关,即胎儿有罹患某种遗传病的易感性,但并不一定发病,如自闭症。对胎儿父母样本进行检测、综合家系分析对VOUS结果的判读和解释有一定帮助。但在很多情况下,就目前对人类基因组的认识和数据库的积累,仍然无法对全部结果给出确切的临床性质判读。这种情况往往会导致孕妇及其家属的焦虑,甚至是错误的终止妊娠。(6)采用不同的CMA检测平台以及不同分辨率的芯片,对同一胎儿样本,也可能会得出不同的检测结果。这是CMA检测本身的技术特点所决定的,并非医务人员造成的误诊或漏诊。

 

 

基于CMA在产前诊断应用中存在上述问题,在对患者进行产前CMA检测前和检测后,进行恰当的遗传咨询十分重要,内容包括:

 

1.产前遗传咨询:在进行产前CMA检测之前和检测之后必须进行相关的产前遗传咨询。

2.咨询资质:产前遗传咨询应由有产前遗传咨询资质的专业医务人员担任。

3.患者知情:CMA检测前的咨询应详细解释CMA的优点和局限性,并让患者充分地知情同意,明确指出:(1)CMA能够检出所有通过染色体核型分析能够检出的染色体不平衡变异,并可能发现其他的特定遗传性疾病,但不能检出所有的遗传性疾病,如低比例嵌合体、平衡性染色体重排、单基因突变等。(2)所检出的特定疾病在不同患者间临床表现可能存在很大的变异,原因是与所累及基因的表现度和外显率不同有关。(3)CMA检测可能会发现VOUS,可能需要对父母样本进行检测并辅以家系综合分析,协助对胎儿样本检测结果的判读。但在很多情况下,基于目前对人类基因组的认识和数据库的积累程度,仍然无法对某些检测结果进行判读和解释。(4)CMA检测可能会发现一些成人期迟发型疾病,这提示父母之一可能罹患同一疾病但尚未表现出临床症状。

4.客观看待差异性结果:检测前的咨询应强调,采用不同的CMA检测平台以及不同分辨率的芯片,即使是针对同一胎儿样本分别进行检测,也可能会出现差异性结果。这是CMA检测本身的技术特点所决定的,并非医务人员造成的误诊或漏诊。

 

四、CMA技术在产前诊断中的规范化应用

1.产前诊断技术资质:根据2002年颁发的《产前诊断技术管理办法》的有关规定,开展产前诊断技术的医疗保健机构,是指经省级卫生行政部门许可开展产前诊断技术的医疗保健机构。强调利用CMA技术进行产前诊断,需在具有产前诊断技术资质的医疗机构内、由具有产前诊断技术资质的医务人员进行。

2.产前遗传咨询资质:在进行产前CMA检测前和检测后,必须对患者进行相关的产前遗传咨询,根据2002年颁发的《产前诊断技术管理办法》的有关规定,从事产前诊断技术的卫生专业技术人员,必须经过系统的产前诊断技术专业培训,通过省级卫生行政部门的考核并获得从事产前诊断技术的“母婴保健技术考核合格证书”。

3.签署知情同意书:在进行产前CMA检测之前,必须让患者签署有关的知情同意书。知情同意书上需详细说明CMA检测的优点和局限性。

4.发放CMA检测报告:在实验室发放CMA检测报告时,应在报告上明确说明所使用的CMA检测技术平台以及该技术平台的检测内容和优缺点。

5.规范化操作:应遵循产前CMA检测的技术路线进行规范化操作,由于CMA技术不足以提供染色体重排类型方面的信息,其结果应得到核型分析和FISH等技术的验证。通过核型分析和中期核分裂象的FISH获得染色体异常的表述形式,阐明其发生机制,评估再次妊娠时发生染色体异常的风险,给患者提供全面的咨询。

 

目前,针对CMA技术的临床应用,在医务人员层面还缺乏正确客观的知识培训和宣教,导致了该技术在临床应用层面观点不一、流程}昆乱,不利于该技术在临床应用的长期健康发展。在专家层面,取得较一致意见的基础上应加强对普通医务人员的宣教和培训,规范该技术的临床应用。

 

五、行政和法律层面的顾虑

产前诊断中存在较高的风险,其检测结果具有不确定性,需要高新技术的支撑。CMA技术是非常重要的分子诊断技术,需要在临床应用实践中发展完善。但是在法律法规对其应用管理暂时缺位的情况下,应用CMA技术会对产前诊断医疗机构和从业人员造成相当大的压力甚至困扰,这不仅不利于这项技术的健康发展,也不利于对复杂遗传病患者和罕见胎儿异常的产前诊断服务。希望国家相关机构和部门能尽快解决该技术面临的一系列行政许可问题。同时,CMA技术相关产品的厂商也应遵守中国对临床诊断医疗器械和体外诊断试剂的管理规定,第一时间申报进口注册或产品许可。这样才有利于国内医疗机构规范CMA技术的临床应用,保障患者的医疗安全并得到较高质量的产前诊断服务,规避医疗风险,为该项技术的临床应用奠定合理合法的基础。


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胚胎植入前遗传学诊断/筛查技术专家共识(2018版) Fri, 27 Sep 2024 07:18:31 +0800 胚胎植入前遗传学诊断/筛查技术专家共识(2018版)


由上海交通大学、北京大学、南京医科大学、山东大学、安徽医科大学、中南大学、浙江大学、中信湘雅医院等单位的业内著名专家共同拟定的“胚胎植入前遗传学诊断/筛查技术专家共识”,2018年4月在最新一期的中华医学遗传学杂志公开发表,标志着我国胚胎植入前遗传学诊断/筛查进入规范化、专业化时代。

随着辅助生殖技术临床开展规模的日益扩大,以及细胞及分子遗传学诊断技术的快速发展,胚胎植入前遗传学诊断(preimplantation genetic diagnosis,PGD)和植入前遗传学筛查(preimplantation genetic screening,PGS)技术迎来了快速的增长和发展。为使该项技术更加规范且有效地实施,经中国妇幼保健协会生育保健专业委员会、中国医师协会生殖医学专业委员会、中国医师协会医学遗传学分会、中国遗传学会遗传咨询分会和中国妇幼健康研究会生殖内分泌专业委员会专家讨论,结合国际发展动态和国内临床应用的实际情况,达成以下临床和实验室专家共识。


第一部分 PGD/PGS的临床流程与质控

1 适应证和禁忌证

1.1 PGD的适应证

1.1.1 染色体异常

夫妇任一方或双方携带染色体结构异常,包括相互易位、罗氏易位、倒位、复杂易位、致病性微缺失或微重复等。

1.1.2 单基因遗传病

具有生育常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传、X连锁隐性遗传、X连锁显性遗传、Y连锁遗传等遗传病子代高风险的夫妇,且家族中的致病基因突变诊断明确或致病基因连锁标记明确。

1.1.3 具有遗传易感性的严重疾病

夫妇任一方或双方携带有严重疾病的遗传易感基因的致病突变,如遗传性乳腺癌的BRCA1BRCA2致病突变。

1.1.4 人类白细胞抗原(human leukocyte antigenHLA)配型

曾生育过需要进行骨髓移植治疗的严重血液系统疾病患儿的夫妇,可以通过PGD选择生育一个和先前患儿HLA配型相同的同胞,通过从新生儿脐带血中采集造血干细胞进行移植,救治患病同胞。

1.2 PGS的适应证

近期高通量遗传检测技术(PGS 2.0)的研究和发展,对PGS的临床意义提出了新的质疑,包括不同程度和部位胚胎染色体异常嵌合型的存在、临床检测技术的精准性、对移植胚胎的选择和放弃的标准、PGS的活产率计算方式及其应用价值等,提示PGS的循证证据尚需进一步的研究和验证,其指征也面临修正和更新。目前PGS可应用于以下几个方面:

1.2.1 女方高龄(advanced maternal ageAMA) 女方年龄38岁及以上。

1.2.2 不明原因反复自然流产(recurrent miscarriageRM) 反复自然流产2次及以上。

1.2.3 不明原因反复种植失败(recurrent implantation failureRIF) 移植3次及以上或移植高评分卵裂期胚胎数46个或高评分囊胚数3个及以上均失败。

1.2.4 严重畸精子症

1.3 PGD的禁忌证 有以下情况之一者,不得实施PGD技术:

1.3.1 目前基因诊断或基因定位不明的遗传性疾病。

1.3.2 非疾病性状的选择,如性别、容貌、身高、肤色等。

1.3.3 其他不适宜实施PGD的情况。

1.4 其他几种特殊情况

1.4.1 性染色体数目异常

47XYY47XXX等,产生性染色体异常后代的几率较低[1,2],不建议实施PGD;而47XXY生育后代染色体异常风险增加[3],可酌情考虑是否实施PGD

1.4.2 对于常见的染色体多态

1qh+、9qh+、inv(9)(p12q13)Yqh+等,不建议PGD

2 遗传咨询和知情同意

患者夫妇在选择实施PGD/PGS前,需要接受至少一次的遗传咨询,使其充分了解自身的生育和遗传风险,知晓现阶段可能的医学干预措施及其利弊,自愿选择治疗方式,并保存相关咨询记录资料。

2.1 病史采集及家系分析

包括收集患者及相关家系成员的原始临床资料及遗传检测结果,绘制系谱图;询问夫妇双方的疾病史、生育史、专科检查及健康评估结果;对于HLA配型者,需评估患儿目前的病情及诊治情况,判断其病情是否允许等待。

2.2 风险评估

结合家系调查和遗传检测结果,以及相关疾病的一般遗传发病规律,充分评估夫妇的再生育风险。

2.3 知情选择

根据评估的生育风险告知可能的干预措施,如产前诊断、PGD/PGS、配子捐赠等,以及现阶段不同干预技术方案的优缺点,让夫妇自愿选择生育干预措施。夫妇在选择PGD/PGS周期治疗前,需充分知晓整个过程中的各类风险,涉及常规体外受精的治疗过程、PGD/PGS技术造成的胚胎活检、冷冻复苏损伤、个别胚胎可能诊断不明、检测后无可移植胚胎、染色体嵌合型胚胎发育潜能的不确定性、无法常规鉴别染色体结构异常的携带者、由于胚胎自身的生物学特性以及检测技术的局限性可能导致误诊的风险、以及若获得持续妊娠,需行产前诊断确诊等。

3 胚胎移植

3.1 行PGD/PGS检测后的胚胎,建议行单胚胎移植。

3.2 当本周期无完全正常的可移植胚胎时,患者经遗传咨询和知情同意后,可自愿选择移植非整倍体嵌合体异常胚胎[4],并依顺序优先选择移植不良风险较小的嵌合型胚胎。

3.3 在对单基因疾病实施PGD时,携带致病基因突变但很可能不发病的胚胎可作为备选移植胚胎。

3.4 可选择新鲜周期移植或者复苏周期移植。

4 随访

PGD胚胎移植后获得持续妊娠者,需进行侵入性产前诊断。现阶段不建议采用无创产前筛查的方法,并应随访妊娠的结局以及新生儿的情况。

5 临床质控

5.1 夫妇在进入PGD/PGS治疗周期前,需接受至少一次遗传咨询,并保存完整的咨询记录、知情同意书和病案记录。

5.2 确定接受PGD/PGS周期治疗的夫妇的临床指征合理且充分。

5.3 PGD获得持续妊娠者,产前诊断结果与胚胎检测结果符合率>98%

5.4 对PGD/PGS的临床结局分析,建议使用活产率/每起始周期的统计方法。


第二部分 胚胎实验室的显微操作与质控

1 授精方式的选择

1.1 卵胞浆内单精子注射(intracytoplasmic sperm injectionICSI)

PGD/PGS周期建议采用ICSI授精方式,以最大限度地减少母源颗粒细胞和父源精子对下游遗传学检测准确性的干扰,特别是下游检测拟采用核酸扩增技术者。

1.2 常规体外受精(in vitro fertilizationIVF)

使用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridizationFISH)方法进行胚胎遗传学检测时,也可采用IVF授精后形成的囊胚,但应警惕精子和其他细胞核的污染。

2 活检的时机

2.1 极体活检

通过极体活检进行PGD/PGS,可分析判定母源遗传信息。

2.1.2 第一极体活检:可在取卵后实施,也可在ICSI0.52 h进行。

2.1.3 第二极体活检:在ICSI814 h第二极体排出后进行。

2.1.4 在ICSI受精后814 h内,可同时活检获取第一极体和第二极体。

2.2 卵裂期活检

卵裂期活检一般在授精后6670 h进行,对此时发育至68细胞、碎片含量< 30%的胚胎进行活检。通常活检1个卵裂球,最多不超过2个。在卵裂期活检后,胚胎仍可继续生长发育23天,成为囊胚。在该时间段内若能完成胚胎遗传学诊断,则可实行新鲜周期移植。

2.3 囊胚活检

囊胚活检对胚胎发育的潜力影响较小,已成为目前PGD/PGS的主要活检方式。囊胚期活检是在授精后第56天、囊胚充分扩张后进行。建议活检囊胚评分应在4BB以上,活检细胞数以510个为宜。通常囊胚活检后的胚胎需立即冷冻保存,待胚胎遗传学分析完成后,择期对结果正常的胚胎进行复苏移植。

3 胚胎活检

3.1 透明带打孔

3.1.1 透明带打孔的方法有机械法、Tyrodes酸法和激光法。目前激光法更为常用,在活检时应尽量避免对细胞造成热损伤。

3.1.2 机械法打孔和激光法可以用于授精前的极体活检,Tyrodes酸法可能对纺锤体产生不利影响。

3.1.3 卵裂期或囊胚期活检可以采用机械法、Tyrodes酸法和激光法。

3.1.4 囊胚活检的透明带打孔可以在授精后第3天、第5天、活检前4 h或活检时进行。

3.2 活检细胞的数目

应根据遗传检测的要求,单独或同时移取第一或第二极体;卵裂期活检应移取12个细胞。若需移取2个细胞,则活检胚胎应包含≥ 6个细胞;囊胚活检采集的滋养细胞数目应控制在510个。

3.3 二次活检

反复活检将影响胚胎的发育潜力。但在首次活检诊断不明时,可以考虑二次活检(包括卵裂期胚胎和囊胚);如果胚胎活检后已冷冻,可以考虑复苏后再次活检[5]

3.4 选择活检的细胞

在卵裂期活检卵裂球时,应选择移取有核且为单核的细胞,囊胚活检应选择远离内细胞团的部位。

4 活检胚胎的冷冻

在等待PGD/PGS遗传学检测结果时,需要对活检后的胚胎进行冷冻保存。建议采用玻璃化冷冻技术,活检后的卵裂期或囊胚期的冷冻方法与常规胚胎冷冻方法相同。

5 活检样本的预处理

5.1 核酸扩增法检测的预处理

下游采用核酸扩增法进行遗传学检测者,活检所移取的细胞经过洗涤后应放入含有2.5 μL磷酸盐缓冲液(或遗传检测试剂盒所要求的预装试剂)PCR管中,同时移取少许洗涤液到空白PCR管中作为空白对照。

5.2 FISH检测的预处理

不同的细胞固定方法均可以获得满意的效果;在处理时应注意做好固定液的隔离防护措施。

6 胚胎活检实验室的质量控制

6.1 胚胎活检环境的质量控制

6.1.1 同ICSI体外胚胎操作实验室标准,在百级层流、37℃恒温、覆盖于无菌矿物油下的无菌培养液滴中进行。

6.1.2 为减少胚胎之间的相互污染,必须确保每个微滴中仅包含一个胚胎,活检针和活检材料转移吸管须无活检细胞成分的残留。

6.2 胚胎活检人员的质量控制

胚胎活检技术人员应具备熟练的ICSI操作经验,在操作中全程遵循严格的无菌原则,以防外源性污染。


第三部分 遗传实验室的遗传检测与质控

根据胚胎遗传检测的靶标,又可分为基因水平的检测和染色体水平的检测。

1 基因水平的检测

1.1 适用范围

经过规范的临床咨询,明确具有单基因遗传病高风险的夫妇;夫妻双方或之一携带有严重疾病明确的遗传易感基因致病突变;HLA配型选择。

1.2 检测策略和原则要求

1.2.1 为避免因扩增失败、优势扩增、等位基因脱扣(allele drop-outADO)、样本污染等导致的误诊或诊断不明,建议PGD的胚胎基因检测应同时进行突变位点的直接分析和遗传多态位点连锁分析[6,7]

1.2.2 用于连锁分析的遗传多态位点可以是短串联重复序列(short tandem repeatSTR)或者单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphismSNP)

1.2.3 建议在致病突变位点上、下游1 Mb的范围内分别选择至少2个可提供遗传信息的多态位点,同时避免选择同源性高、相邻序列中GC含量高或有多聚核苷酸序列的SNP位点。

1.2.4 对于性连锁遗传病,建议加入性别指示位点的检测。

1.2.5 对于HLA配型者,用于连锁分析的遗传多态位点需要覆盖HLA-AHLA-BHLA-DRAHLA-DQB1的上、下游,在每个区域中至少选择5个可提供遗传信息的多态位点。

1.2.6 在进行遗传多态位点连锁分析时,需注意突变位点附近的基因组重组。

1.3 检测方法

1.3.1 巢式PCR

其中第一轮多重PCR应扩增多个目标位点(含突变位点以及连锁遗传的多态位点)

1.3.2 全基因组扩增(whole genome amplificationWGA)

又可分为基于PCR原理和非基于PCR原理的扩增方法。WGA扩增的产物可采用多种方法进行突变位点及遗传连锁位点的鉴定,包括荧光PCRSanger测序、单核苷酸多态微阵列芯片(SNP array)[8,9]、高通量测序(next generation sequencingNGS)[6]以及联合检测等。

1.4 PGD检测前的验证

1.4.1 在施行PGD前,需要在家系样本中对已知致病突变进行验证。

1.4.2 应选择突变位点上、下游的多态位点,在家系样本中进行连锁分析,从中选择能够提供遗传信息的位点建立单体型图。

1.4.3 在单个细胞水平验证PGD检测方案的有效性

1.4.3.1 在实施PGD检测前,需要在单个细胞上验证方案的有效率,评估目标检测位点扩增的有效性以及ADO率。

1.4.3.2 验证样本可以是淋巴细胞、颗粒细胞、口腔粘膜细胞、胚胎细胞等,应注意来源的细胞可能影响扩增的效率和ADO率。

1.4.3.3 采用卵裂期活检者,每份验证样本应包含1个细胞;采用囊胚活检者,每份验证样本应包含410个细胞。

1.4.3.4 若采用直接PCR扩增法,建议在50份验证样本(可能的话,包括携带有致病突变的细胞以及正常细胞)中进行预验证检测。

1.4.3.5 采用WGA法进行第一步扩增者,建议至少在10份验证样本中进行预验证检测。

1.4.3.6 扩增效率应>90%ADO率应<10%。若ADO率较高,可适当增加上、下游的连锁遗传多态位点进行分析[10]

2 染色体水平的检测

2.1 适用范围

夫妻双方或之一携带有染色体异常;医疗目的的性别选择;胚胎植入前的非整倍体筛查。

2.2 检测策略和原则要求

2.2.1 对于夫妻双方或之一携带有染色体异常者,PGD可以仅针对异常染色体进行检测,也可同时分析其他染色体的数目异常。

2.2.2 性别选择可以用于基因诊断不明的性连锁遗传病。但对于基因诊断明确的家系,建议进行突变基因分析,不建议单纯进行性别选择。

2.2.3 对于Y连锁单基因疾病,可仅进行性别选择。

2.2.4 对于染色体结构易位,PGD检测可不鉴别携带者。有条件的实验室可以提供携带者检测,但需要充分评估检测所采用的技术。

2.2.5 对于胚胎非整倍体筛查,建议采用能够同时分析所有染色体数目异常的方法(comprehensive chromosome screeningCCS),不建议采用FISH技术。

2.3 检测方法

2.3.1 核酸扩增法

2.3.1.1 巢式PCR

首轮多重PCR应同时扩增目标染色体的特异性位点,第二轮定量PCR应进行各染色体位点拷贝数分析[11]

2.3.1.2 WGA结合高通量遗传检测技术

WGA检测后,可采用多种高通量遗传检测技术进行染色体拷贝数检测,如微阵列比较基因组杂交(array CGH)[12,13]、单核苷酸多态微阵列芯片(SNP array)[14,15]、高通量测序(NGS)[16,17]等。

2.3.2 FISH检测

应针对检测的目标染色体,选择不同的核酸探针。在检测染色体易位携带者所产生的胚胎时,所选的探针组合需要能够识别所有可能的易位相关的染色体不平衡胚胎。当染色体易位片段较小、超出高通量遗传学检测技术的有效分辨率时,应优先选择FISH检测。

2.4 临床实施PGD/PGS前对于方案有效性的验证

2.4.1 array CGHSNP arrayNGS等技术已有商品化试剂盒,具有标准化的操作流程和质控参数,本地实验室在首次临床应用前,需验证检测平台的有效性和稳定性。通常无需对每个病例进行临床前预实验。

2.4.2 采用FISH进行染色体拷贝数分析,需提前验证患者夫妇外周血中期染色体的核型,同时在间期核上检测分析探针的荧光强度及特异性。

3 质量控制

各临床PGD/PGS实验室应根据自身的条件和特色,自主选择检测技术平台。各种检测方法均需建立标准操作规程(standard operating procedureSOP)。不同的检测技术平台应根据具体流程的需要在实验关键环节设置质控参数。本指南仅对PGD实验室的一般质控措施提出以下建议:

3.1 采用核酸扩增法进行PGD/PGS检测的实验室需严格遵照《临床基因扩增实验室工作规范》的一般原则。

3.2 胚胎活检的细胞及其在整个检测流程中需具有清晰且唯一的编号,与胚胎一一对应。

3.3 采用核酸扩增法进行PGD/PGS检测时,首次扩增步骤需要设置细胞洗涤液空白对照以及扩增试剂空白对照以评估可能的污染及来源。

3.4 各种检测技术需均建立SOP文件并遵照执行,并及时评估更新。

3.5 对于采用商品化试剂盒检测技术如array CGHSNP arrayNGS等,需建立适用于本地实验室的SOP程序和质控方法。

3.6 所有实验操作过程中需要严格的双人核对,实时记录并签字。

3.7 检测结果数据需要两人独立分析判读,最后由第三人审核判断。未达成一致意见的胚胎应判读为诊断不明。PGD中诊断不明的胚胎不建议移植。

3.8 应定期开展室内比对和室间比对质控,并做好记录。

4 检测报告

PGD/PGS报告需包括患者夫妇的姓名、年龄、检测指征、胚胎编号、胚胎活检阶段、活检日期、检测方法和项目、检测结果、检测者、审核者、报告日期及备注说明。除医疗目的性别鉴定外,报告不准提示胚胎的性别。

 


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妇产科医生临床管理指南-遗传性疾病的产前诊断检测 Fri, 27 Sep 2024 07:18:32 +0800  

实践指南

妇产科医生临床管理指南

遗传性疾病的产前诊断检测

产前遗传诊断检测是为了尽可能在最大程度上确定胎儿是否带有特定的遗传性疾病或基因异常产前遗传筛查是用于评估患者怀有胎儿携带遗传性疾的风险是否较高。最初,产前基因检测仅关注唐氏综合征(21三体),现在,我们可以检测更广泛的遗传性疾病。虽然羊水穿刺或绒毛取样(CVS)在大多数的遗传性疾病诊断中是必需的,在些情况下,胎儿成像超声检查,超声心动图或磁共振成像可诊断特定胎儿结构性畸形并提示潜在的遗传异常。

产前基因检测的目标是检测可能会影响妇女、胎儿或新生儿的健康问题,并为患者和她的妇产科医生或其他产科护理人员提供足够的信息,以便他们在做出妊娠管理决定时对情况有充分的了解。产前基因检测无法发现胎儿的所有异常或问题,任何的检测都应当关注患者个体的风险、生育的目标和患者意愿。患者有必要了解所有产前筛查和诊断检测的好处和局限性,包括什么问题是可以被检测到的,什么问题是检测不到的。 患者需要意识到很多遗传性疾病的临床表现和表型多种多样,基因检测的结果并不能预测所有的结局。产前基因检测有很多好处,包括当结果为正常时可以增加患者的信心、识别那些通过产前干预可以获益的疾病、 通过确保合适的分娩地点以及对患病婴儿的必要的人员照顾以优化新生儿的结局,同时可以给予终止妊娠的指导

这分实践指南的目的是综述目前产前遗传诊断检测的现状以及支持其使用的证据。如需了解胎儿非整倍性筛查的信息,请参考实践指南No. 163,胎儿非整倍性筛查。

 

背景

胎儿遗传性疾病是指由基因组上的差异造成的结构或功能上的异常,这些差异是区别于那些通常由环境或其它破坏性因素所造成的疾病。人们日渐认识到这些区别并不总是那么清晰。遗传易感性可能会增加一个人对环境影响的易感性,一些遗传异常可能只有在特定环境条件或情况下才有症状或表现明显。一些疾病是有表观遗传基础的;也就是说,依赖于双亲的来源或其它影响因素,基因会被修饰激活或沉默。现在愈加发现遗传和遗传学是复杂的,我们目前的认知是不完善的。因此,产前诊断可能复杂,我们并不总是能够通过一项产前基因检测推断出临床结局。另外,产前诊断检测适用于一些而并非全部的遗传性疾病。

一般来说,染色体异常和单基因疾病可以通过对胎儿组织的分析来发现。这些是产前诊断检测最主要的目标。妊娠发生染色体异常是相对常见的。大约每150活产里就有一带有某类会导致异常胎儿表型或异常新生儿表型的染色体异常(1)。染色体畸变在孕早期更为常见;大约三分之二的隐性自然流产(如,无意识妊娠的早期胚胎死亡),一半的孕早期内确认的流产,以及5%的死是细胞遗传异常导致的(2)。婴儿和儿童的死亡中有约5-7%是染色体异常的结果(3)。染色体异常也较常见于多次流产和胎儿结构畸形的情况(4)。

染色体结构异常包括染色体数目和结构的异常。最常见的染色体数目异常是非整倍,包括多出一条或数条染色体,或缺失一条或数条染色体。有可能会多出一或数染色体(如,三倍体或四倍体)。染色体数目的异常可以是嵌合性的,即染色体的数目异常并不是出现在所有的细胞系里。

除了染色体数目的异常,染体色结构的畸变,如缺失、重复、易位和其它重同样也会发生。虽然并非所有的缺失和重复都是病理性的,但有些可以说是相当大的,并且通过核型分析可以很容易发现;另一些是小的微缺失或微重复,它们只能通过染色体微阵列芯片、荧光原位杂交(FISH)或其它特殊手段来检测。在些情况下发生了染色体的平衡异位,正常的基因组成分是被保留下来的,但发生了重。在另一些情况下,易位或其它重可能导致染色体的一些片段被复制或完全失。平衡性染色体异位经常与正常的表型相关联,特别是当这些异位是遗传下来的,这些易位可能会导致复发性流产或下一代遗传性异常风险的增高。一些异位可能会有遗传物质的丢失,在临床上是有显著意义的特别是那些新发的而非继承自父母一方的易位突变。

与大的重不同,一些遗传性疾病是由单个基因的突变引起的。单纯由一个基因的异常造成的疾病是相对罕见的。很多单基因病的表型是受修饰基因或外的一组基因组合的独立作用影响的,常常环境相关。单基因疾病包括镰状细胞性贫血、囊性纤维化、血友病和泰 - 萨克斯病。如果该家已经被明确诊断出单基因病,并且已经鉴定出了特定的突变,那么通过对胎儿细胞的针对性的遗传检测就可以检测该单基因病。

比染色体异常更常见的是孤立的出生缺陷,如先天性心脏病、神经管缺陷以及兔唇。这些特征通常是由多基因与环境因素共同造成的,通常是孤立的(与遗传综合征或基因诊断不相关)。由于可能存在的遗传性因素,与一般人群相比,先天性心脏病更常发生于特定的家庭中。孤立的结构性出生缺陷是由遗传和环境因素的复杂相互作用引起的,因此,通常没有特别的DNA方法来进行产前诊断遗传检测;相反,通常是通过超声或其它影像手段来诊断。

虽然大多数基因是编码在核基因组里的,但线粒体有它们自己独特的基因组。线粒体从卵母细胞的细胞质中母系继承而来。线粒体DNA也会发生突变并引起疾病。因为线粒体是有氧代谢所必不可少的,线粒体疾病通常会影响能量需求的组织,比如中枢神经系统、心脏和肌肉。因为异常线粒体数目上的差异,以及预测表型的易变性,因此线粒体病的产前诊断可能复杂,临床的结局难以预测。

产前诊断实验室技术 

一些实验室技术可以对胎儿样本进行产前诊断检测。不同的检测提供不同的信息,对检测方法的选择取决于相关的异常以及患者的意愿

产前诊断检测的主要目标是诊断胎儿染色体异常。通常是对通过羊水穿刺或绒毛取样获得的细胞来进行常规的核型分析。这一方法足够用于鉴定所有的非整倍体,包括三体、45,X(特纳氏综合征)、其它性染色体非整倍体,诸如47,XXY(克氏综合征),以及大的重

如果用于检测的胎儿细胞中不存在嵌合体,那么核型分析就可能检测不到胎儿的嵌合体。因为核型分析依赖于培养细胞的分裂中期分析,通常在取样后7-14天才能得结果。当细胞是取自羊水穿刺或CVS时,培养失败是很罕见的,但却更常见于来源于死胎或死产的细胞。核型分析用于非整检测以及对大于5-10M的染色体异常的检测的准确大于99%(5)。 

荧光原位杂交分析使用针对特定染色体或染色体区域的荧光标记探针来检测标本中相应染色体区域的数量。荧光原位杂交可以对羊水穿刺或CVS收集的细胞不经细胞培养直接检测,提供对常见非整倍体的评估。FISH分析相比常规核型分析可以更快地获得结果,通常在2天以内。最常见的FISH探针组是针对第13、18、21、X和Y染色体的筛查检测。针对比如22q11.2缺失综合征的其它异常的探针组虽然也有,但需要特别要求。也可以应要求,用荧光原位杂交对经过细胞培养的分裂中期细胞进行检测,以评估特定的微缺失或重复。虽然对于探针组上的染色体的检测FISH分析是准确的,但它应该被认为是一种筛查方法。关于FISH检测的假阳性和假阴性是有报导的(6–8),异常的FISH结果不应被视为最终的诊断。因此,以FISH提供的信息为基础做出的临床决策都应当包括以下附加结果中的至少一个:经常规分裂中期染色体分析或染色体微阵列芯片验证,或一致的临床信息(如异常的超声发现或唐氏综合征或18三体筛查阳性)(9)。

染色体微阵列分析是一项既可以识别主要染色体非整倍性又可以检测常规核型分析因为太小而无法检测到的亚显微变化的技术。DNA重复或缺失的部分通常被称做“拷贝数变异” (10)。染色体微阵列芯片可以识别几乎所有通过核型分析可以检测到的异常(除了平衡易位和三倍体),但与核型分析一样,在某些情况低水平的嵌合体可能检测不到。和FISH一样,染色体微阵列芯片可以直接用于未经培养的细胞或用于培养细胞。直接用染色体微阵列芯片分析未经培养的细胞的优势是快速的周转时间 (约3-7天)。另外,这项技术还可以用于细胞培养不能存活或常规核型分析不能使用的细胞。因此,对于死胎和死产病例,应优先选择微阵列芯片而非核型分析 (10)。

小于常规核型分析分辨率的染色体畸变也可能导致表型异常;通过染色体微阵列芯片可以检测到胎儿的这些拷贝数变异。当产前超声检测发现了结构畸形,染色体微阵列芯片可以在6%的核型结果正常的胎儿中发现具有临床显著意义的染色体异常(11, 12)。出于这个原因,染色体微阵列芯片应被做为主要检测(替代常规核型分析)推荐给因为超声检测指示胎儿结构畸形而进行产前诊断的患者(10)。如果结构畸形强烈指向胎儿的特定的非整倍(如十二指肠闭锁或房室心脏缺陷,这是21三体的特征),则在染色体微阵列分析前可以做核型分析加FISH或核型分析不加FISH。

已发现染色体微阵列芯片可以在1.7%的超声检测正常且核型分析正常的患者中检测到病理性(疑似病性)的拷贝数变异(11),因此建议向所有选择进行侵入性诊断检测的患者都提供染色体微阵列芯片检测。

当有指时,可以采取包括酶活力测定或其它生物标志物的检测以确定生化或诸如泰 - 萨克斯病和卡纳疾病的存在。不过,随着对特定突变的DNA检测越来越多,以及高分辨率超声提高了诊断的准确性,此类检测已较少使用 (13)。

 

侵入性产前诊断检测技术

多种技术可用来获得用于诊断的胎儿细胞,包括分析植入前胚胎细胞、CVS和羊水穿刺术。产前诊断极少有对胎儿血液和组织的需要,因此以此为指征行脐血穿刺和胎儿活检很罕见。 对母亲血浆中的游离DNA的分析已被用于一些DNA异常或胎儿特征的产前检测,如Rh血型,但游离DNA检测仍被认为是一种筛查手段,其准确性还不足以被考虑做为任何指的诊断(14, 15)。

 

 

植入基因诊断

植入前基因诊断是指在胚胎植入前对一个胚胎测试其是否带有某种特定的遗传性疾病。植入前基因检测的样本是卵母细胞和受精卵的极体——卵裂期胚胎的单个卵裂球,或囊胚期的滋养外胚层的一组细胞。植入前的遗传诊断可以采用细胞遗传学的方法或分子生物学的方法来对体外受精形成的早期胚胎进行检测,如果一个家已经发现了某种突变,植入前遗传诊断可以用于检测绝大多数的遗传疾病。由于植入前的遗传检测只使用来源于早期胚胎的一个或少数细胞,有可能出现错误,因此通常建议用羊水穿刺或CVS来确认结果。

 

绒毛膜活检(CVS)

为产前遗传诊断进行的绒毛活检通常是在妊娠第10周到13周之间进行。经宫颈或经腹到达胎盘可以获取胎盘绒毛。通过连续超声引导,将取样针尖部或特殊导管固定在胎盘上而不进入羊膜囊。通过注射器的负压吸取少量的胎盘绒毛。虽然比较宫颈和经腹腔CVS的风险的数据有限,但似乎两种方法之间并没有显著的差异 (5, 16).

CVS相对羊水穿刺的主要优是可以在妊娠的更早期进行操作,对由CVS获得的活细胞进行分析可以缩短样本处理的时间(相对于7-14天,CVS的样本处理只需要5-7天),所以可以在妊娠的更早期获得结果。当早孕期超声检查或筛查有异常时,虽然羊水穿刺也是诊断的选项之一,但较早获得的CVS结果可以患者更多的妊娠管理选

CVS导致妊娠丢失逐年下降 (17)。对最近一项包括了8,899例行CVS的女以及37,388例未行CVS的女的包含对照组的数据研究分析计算得出,与手术过程相关的妊娠丢失率在0.22%(每455中有一)(18)。

虽然有关于CVS与短畸形关联的报导,但发生这些畸形的风险似乎非常低,小于妊娠10周的行此术时,这些异常会更加显著 (19)。 在世界卫生组织的一项分析中,CVS后短畸形的案例是每10,000例中有6例,这并不明显高于一般人群的发病率(20)。对于考虑CVS但又担心CVS与短畸形有可能相关的女可以放心,因为当操作是在妊娠10周或10后进行时,这一风险是很低的,甚至不比普通人群的风险高(21)。CVS的另一个并发症是阴道点出血或流,这在经宫颈CVS的患者中可达32% (22);而腹腔CVS的患者中的发生率要更低。培养失败、羊水渗漏或CVS后感染的发生率小于0.5% (16, 22, 23)。

 

羊水穿刺

产前遗传诊断为目的进行的羊水穿刺通常是在妊娠第15周到20周之间进行,但也可以在更晚的孕周进行。许多大型、多中心的研究已经证实了遗传相关羊水穿刺的安全性及其细胞遗传学诊断的准确性(5)。通常情况下羊水穿刺采用无菌技术、22号脊髓针,并在连续超声导引进行。从胎儿部分和脐带的囊中获得20-30 ml的羊水样本。尽管有数据表明因为操作而引起的妊娠丢失胎盘与不胎盘的方法间并有差异,但如果在技术上可行,通常避免胎盘通过,尤其是在涉及同种异体免疫的情况下(24, 25) 如果羊膜和绒毛没有融合则通常会推迟穿刺,因为此时获取羊水失败需要第二次穿刺的可能性较高。

羊水穿刺最重要的风险就是妊娠丢失。和CVS一样,与手术操作相关的妊娠中期的妊娠丢失率逐年下降,这可能与经验的累积以及技术与影学的改进有关。

羊水穿刺后流产的准确数据很难得到,因为这种情况的发生率本身就很低,并且羊水穿刺后发生流产的女恰当的对照组的比较也有困难。

当代的单中心研究有报导手术过程相妊娠丢失率为0.13%(每769中有一 )至0.27%(每370中有一)。据近期的一项关于羊水穿刺后流产风险的大数据分析估计,手术相关的流 率约为0.11%(每900中有一),该研究包了42,000名接受羊水穿刺的女性与138,000未行羊水穿刺的女性(18)。归因产前诊断的手术操作而导致的流产率据估计为0.1-0.3%(由经验丰富的医生操作)。 羊水穿刺和绒毛取样的流产率都是非常低的。这些数据是从高通量,经验丰富的中心的报告中计算得出的,可能并不适用于其它情形。另,当为病人提供关于羊水穿刺后流产风险的咨询时,把手术相关的风险与患者自身健康背景结合在一起是非常重要的。

羊水穿刺导致的轻微并发症很少发生,包括阴道点滴出血和羊水渗漏的发生率大约占所有病例的1-2% (27)。羊水穿刺后的足月前羊膜早破的围产儿结局要明显优于相似孕周发生自发性胎早破的;在中孕期羊水穿刺后发生羊水渗漏的病例中,围产儿存活率大于90% (28)。针头伤害到胎儿的案例曾有报导,但当操作是在连续超声引导时是非常罕见。样本的羊水细胞培养失败率是0.1% (29, 30)。

过去,早期羊水穿刺在妊娠10周到13周进行,方法类似于中孕期羊水穿刺术(31)。但早羊水穿刺发生妊娠丢失和其它并发的概率显著高于中期。在一项多中心的随机试中,早期羊水穿刺后的自发性妊娠丢失率为2.5%,而传统羊水穿刺则为0.7% (27)。胎膜破裂在早期羊水穿刺后更易发生,而俱乐部脚的发病率为1.3%,期羊水穿刺后的发病率的仅为0.1% 。早期穿刺的羊水细胞培养的失败率也明显更高,因而需要进行额外的侵入性诊断操作 (27)。基于这些原因,不推荐做早期的羊水穿刺(妊娠14周前)。

 

诊断相关操作的经验 

早期的研究显示,妊娠丢失、样本的血液污染、羊水渗漏,以及需要一次以上的穿刺是与操作者的经验、小细针的使用,以及超声指引是相关的 (32–34)。同时也有与CVS安全操作相关的重要的学习曲线 (35, 36)并且绝大多数发表的数据都来源于经验丰富的高通量中心。操作相关的流产率在经验少的操作者间可能会有所不同。

 

临床的注意事项与建议

什么时候应该提供产前诊断检测?

不论母亲的年龄或其它风险因子,对所有孕妇均应提供针对非整倍性产前评估的筛查或诊断检测。怀孕以后应该尽早讨论基因检测,最理想的是在第一次产时,以便能选择期的检测方案。检测前的咨询应该是一个共同决策的过程 ,并应该包括对患者非整倍体风险的讨论以及其它遗传疾病风险的讨论。筛查与诊断的区别也应同时被讨论。

哪些患者的胎儿遗传性疾病的风险更高?

下列几类患者其胎儿的遗传性疾病风险是增高的:

产妇龄——虽然非整倍性的风险随着产妇的年龄增加,单看年龄并不是一个有效的非整倍性筛查工具。相反,包括微缺失和重复在内的结构性染色体异常的频率并不随着产妇的年龄而增高 (37)。

父亲龄——较大的父亲的年龄与孩子单基因病风险的增加相关,比如软骨发育不全,阿佩尔综合征和克鲁宗综合征。虽然并没有达成共识,多数研究表明40-50岁可以被认为是父亲龄。遗传风险主要与精子形成过程中基因突变发生率的增有关。目前,对于随父亲年龄而增加的疾病还没有推荐的筛查或诊断检测;仍旧是通过标准的筛查和诊断来进行妊娠管理,包括超声检测评估胎儿身体结构发育(38)。

 双亲中染色体重排携带者——女或男方携带比如易位或倒位的平衡性染色体重排,通常自己表型正常,但他们产生的配子有发生染色体不平衡重排的风险,从而导致下一代的遗传异常。因为一小部分遗传物质的丢失或重复、基因破坏,或基因功能的改变,就有可能导致这种情况的发生。

对于大多数的重观察到的活产后代异常的风险低于理论风险,因为一些异常的配子最终为不可存活的妊娠和流产。一般情况下,因为生下了异常的小孩而被发现是染色体重排的父/母载体,将来他们的后代带有不平衡染色体的概率是5-30%;而那些因为其它原因而被发现为载体的(如在不孕不育干预时)则为0-5% (2)。一些臂间倒位是例外情况,如涉及第9号染色体的臂间倒位,它是一般人群中的常见变异,通常被认为是没有临床后果的 (2)。

 双亲为非整倍体或非整倍体嵌合——女带有21三体,虽然生育能力低下后代发生三体的风险是增高的 (39)。47,XXX的女性以及47,XYY的男性 通常是可以生育的,虽然仅有少量的数据,但并没有发现他们生育的后代发生三体的风险有所增高(40)。男性克氏综合征(47,XXY) 有限的数据显示,他们的伴侣通过在体外用胞浆内单精子注射受精受孕并未发现其后代的非整倍体风险增加(41)。

 之前有子女有出生结构缺陷——大部分出生缺陷,如神经管缺陷和先天性心脏病是孤立的事件,是由于多基因与环境因子相互作用导致的。因为这些疾病有遗传的成分,因此它们有在家里重复发生的倾向。这些与目前公认的遗传综合征不相关的孤立的结构异常的复发风险因病而异,并且与子女的性别有关,但通常在2-3%,当然取决于家系中患病的人数,这个比例也可能更高(42–44)。

 父母遗传缺陷携带者——父母是遗传性疾病的患者或是遗传缺陷的携带者,比如镰状细胞贫血病,泰 - 萨克斯病,和囊性纤维化,他们生育患病的风险会增加。患有常染色体显性遗传病,比如多发性神经纤维瘤的个体,他们传给下一代的风险是50%。一些常染色体显性遗传病只出现在一个先证子女身上,但并没有其他家族成员患病,这些有可能是新发的突变。在这情况下,取决于疾病的类型,复发的风险可能比较小 (45)。为了确保复发风险检测能提供充分的信息,针对患儿的建立在分子检测基础上的诊断往往是必的。这种确同时也可确保未来妊娠的风险得到了准确的评估。 

 前胎儿或子女带有常染色体三体或性染色体非整倍体——之前妊娠出现常染色体三体,那么取决于三体的类型、那次妊娠是否是自发性流产、初次发生时产妇的年龄,以及随后产前诊断时产妇的年龄,之后复发的风险是高龄产妇风险的1.6-8.2倍 (46, 47)。第二次常染色体三体的风险似乎会发生在任何染色体上,并不一定只发生在之前妊娠时发生三体的那条染色体上。对于47,XXX 或47,XXY,复发的风险不是很确定但同样也是升的。对于45,X 或 47,XYY,复发的风险似乎并没有增加(46, 48)。

 超声发现结构畸形—— 胎儿结构畸形的存在增加非整倍体、拷贝数变异如微缺失,以及其它遗传综合征的可能性 (11, 12, 49, 50)。这些风险极大程度取决于胎儿存在的结构畸形的和性质,某些畸形(或畸形的组合)是与特定遗传异常密切相关的。对于一些结构畸形,遗传异常的风险超过了50%,而其它孤立的畸形则仅很少与非整倍体或其它遗传疾病相关。非整倍与超声软指标的相关性在不同的研究结果中有所不同,但其通常与出现的大部分次要指标关联不大(51, 52)。

哪些实验室检测方法可用于胎儿遗传异常的诊断?测而进行羊水穿刺,并且超声检测正常,可清楚看到胎儿的脊椎和头,在这种情况下可能不需要对所有病例进行常规测量羊水α甲胎蛋白筛查神经管缺陷 (表 1)。

检查

周转时间

检测到的异常

评价

常规核型分析

7-14天

>5-10 Mb的染色体异常

染色体异常诊断的常规方法

FISH——直接制片(分裂间期

24-48小时

快速评估主要非整倍体(13、18、21、X和Y染色体)

直接用FISH检测由CVS获取的细胞的准确性没有检测经培养的CVS或羊水穿刺细胞高。结果应该通过培养细胞来确认或在根据结果采取行动前应该有其它临床特征。

FISH——培养细胞(分裂中期)

7-14天

微缺失和重复

当临床上有怀疑时可用于检测特定的异常

染色体微阵列芯片

3-5天(直接检测);10-14天(培养细胞)

>50-200 kb的拷贝数变异

在全基因组范围内筛查拷贝数变异。检测除平衡异位和一些三倍体外的主要染色体异常。其检测因不同微阵列芯片平台而有差异。

植入前遗传检测

1-2天

家系已确认突变的遗传性疾病

由于有出错的可能性,建议使用CVS或羊水穿刺进行确认。

分子DNA检测

3-14天(直接检测比需要细胞培养的更快)

之前已在该家系发现了基因突变或基于超声或其它发现怀疑胎儿有基因突变

通常基于超声发现或家族史怀疑胎儿存在特定遗传性疾病而进行针对该遗传病(或一类疾病)的检测

缩写:CVS,绒毛膜活检;FISH,荧光原位杂交;IVF:体外受精。

 

患者在超声检测时发现重大的胎儿结构畸形,则需要CVS或羊水穿刺来进行染色体微阵列芯片检测 (10)。如果某个结构畸形强烈暗示胎儿的非整倍性(如十二指肠闭锁或房室心脏缺陷,这些都是21三体综合征的特征),则在染色体微阵列芯片分析之前可以先核型分析加FISH或核型分析不加FISH。

如果根据异常的血清筛查或游离DNA检测提示患者后代的13,18或21三体风险高时,则应该羊水穿刺行FISH加核型分析或单做核型分析。另外,对因为任何指征接受了侵入性诊断检测的女都应当提供染色体微阵列芯片分析。因为染色体微阵列分析不需要分裂细胞,是死胎或死检测的最佳方法 (10)。

一些结构畸形或某一类畸形是特定的遗传性疾病的特征。有越来越多的用于检测单一疾病的分子DNA检测。对于其它的发现,比如骨骼发育异常可利用一组基因来检测共同或相似的疾病

在对胎儿的遗传异常进行检测之前和之后,应当提供什么信息给患者,应当如何提供?

决定接受特定的检测之前,患者应当获知遗传检测可能会检测到的疾病的基本信息。虽然病人的妇产科医生或其它产科护理人员可以提供很多这样的咨询,遗传咨询师或其他经过遗传培训具有专业知识的专家可以更好的提供个体化风险决策,特别是在复杂情况下。在任何情况下如果怀疑胎儿有遗传异常,转诊到具有遗传专业知识的卫生保健单位有助于遗传资询、选择合适的检测,以及解释检测的结果。 

虽然常规产前检主要针对唐氏综合症,但能够被检测到的在临床上具有显著意义的疾病的范围已经大大超了这一范畴。应为患者提供超声结构畸形筛查和血清学筛查、单基因病携带筛查,如囊性纤维化,以及染色体非整倍性检测。当胎儿做出了染色体异常或其它遗传性疾病的诊断,患者应当获知其遗传背景的详细信息。对于大多数的胎儿遗传或结构异常,通常会推荐转诊到特定疾病的专家,因为患者做出决策需要准确和详细的咨询。由染色体微阵列芯片发现的许多拷贝数变异,需要遗传咨询师或产前遗传诊断专家的会诊来解。当产前发现遗传性疾病或重大结构畸形,应当讨论终止妊娠这一选项。患者可能从额外的检测中受益,包括超声或胎儿超声心动图,并可安排合适的产科和儿科专家或新生儿专家讨论妊娠和新生儿管理问题。介绍给家长支持团,顾问,社会工作者,或神职人员可能可以为患者提供更多的信息和支持。

或死胎遗传诊断的最佳检测和最佳的组织是什么?

基因检测常常被推荐用于评估不明原因的胎和死产。常用的手段有常规核型分析和染色体微阵列芯片分析。由于核型分析只能用于活的组织,当用于检测来源于死产或死胎的组织时它的失败率较高。相反,染色体微阵列芯片分析不需要活细胞,因此对于死胎或死产的遗传检测优先选择染色体微阵列芯片。并且,染色体微阵列芯片提供的额外的信息有助于明确胎儿死亡的遗传原因(10)。

任何类型的胎儿或胎盘组织或羊水都可以用染色体微阵列芯片进遗传检测。需要注意的是要避免母体的组织或血液的污染。

如果只有常规核型分析一种检测手段,而胎儿的死亡时间又较短,那么应当通过羊水穿刺来获得羊水 (53, 54)。在无菌方式下获得的羊水细胞分娩后获得的组织相比,其细胞生长的可能性以及最终获得结果的可能性都要更大。

源性传染病,如乙肝、丙肝或人免疫缺陷病毒的女应当如何提供胎儿遗传性疾病的产前诊断咨询?

虽然现有数据很有限,但数据显示羊水穿刺会增加慢性感染乙肝的女其新生儿感染的风险,并且母婴传播的比例取决于病毒载量。在低病毒量的女组中,羊水穿刺没有增加母婴传播的比例,而在有高病毒量的女中,新生儿感染的比要高21倍 (55)。此外,似乎乙肝e抗原阳性的女羊水穿刺后母婴传播的风险更高 (56)。

关于携带丙型肝炎的女羊水穿刺后的数据就更有限,但传染的风险似乎低。一组22丙型肝炎性的孕妇在中接受羊水穿刺,其中16通过聚合酶链式反应检测到丙肝病毒RNA;这16中只有一可以羊水中检测到丙型肝炎病毒。出生的10新生儿中没有发现一例丙型肝炎病毒阳性,包括那一例在羊水中发现了病毒的新生儿 (57)。

针对人类免疫缺陷病毒(HIV)的多种药物疗法问世之前,HIV阳性女的羊水穿刺会增加母婴传播的风险 (58)。然而,最近的组接受合抗逆转录病毒疗法(CART)的小样本研究显示,孕妇羊水穿刺后并没有增加新生儿感染的风险,特别是在母亲的病毒载量低或检测不到的情况下 (59)。法国围产期列队数据包括了81例接受羊水穿刺并在妊娠期间用三种或三种以上药物进行了CART治疗的HIV阳性患者;其中94%的患者在羊水穿刺之前就开始了CART疗法 (60)。这一实验组与没有接受过羊水穿刺的CART组相比,母婴传播率没有差异 (0.0% [81中0] 相比 1.2% [ 2,528中有30]; P=1.0)。虽然在这一研究中并未报导母亲的病毒载量,可以推测低母婴传播率与接受CART治疗的女体内的低病毒载量或检测不到的病毒载量相关,也与羊水中抗逆转录病毒药物的存在相关。

没有足够的数据来评估对慢性病毒感染的女进行CVS的风险。同时,也没有足够的数据来定义风险的程度,不过带有多重感染,如同时感染HIV和乙肝的患者母婴传播的风险会更高。

总的来说,携带乙肝病毒、丙肝病毒或HIV病毒的患者在考虑产前诊断检测时,应当被告知CVS和羊水穿刺有可能会增加将病毒传播给新生儿的风险。手术的潜在风险应当与检测到新生儿异常的可能性以及检测所能提供的价值一起讨论。HIV感染的妇女,需要进行CART治疗,并且应将检测推迟到病毒载量检测不到时 (61)。接受CART治疗的女当病毒载量无法检测到时,羊水穿刺似乎并不会增加HIV的传播。在这些情况下咨询是复杂的,侵入性与非侵入性检测的优缺点以及筛查选项应该被讨论。

多胎妊娠的妇女产前诊断检测有何不同?

由于有不止一个胎儿的存在,且关于多胎妊娠的数据又很有限,针对多胎妊娠患者的非整倍体风险以及遗传检测风险的咨询要比单胎妊娠患者的更复杂。基于产妇年龄与超声判定的性来评估非整倍风险的公式和表格已应用于双胎妊娠妇女的非整倍体风险评估 (62, 63)。

,近期的数据显示,这一类模型可能高估了双胞胎非整倍性的风险。一的欧洲人口登记数据显示,多胎妊娠中每个胎儿患有唐氏综合征的调整后的相对风险仅为单胎妊娠的约一半 (64)。

在对多胎妊娠的咨询中应当讨论如果仅有一个胎儿是非整倍时妊娠管理有哪些选择。这些选包括继续怀孕、终止整个妊娠,以及在中期选择性地终止患病的胎儿。

关于羊水穿刺或CVS后多胎妊娠的胎儿流产风险的数据很有限。据最近的研究估计,可归因于羊水穿刺的双胎妊娠丢失率约为2% (65, 66)。 没有关于多胎妊娠妇女羊水穿刺后妊娠丢失的数据。

一些小的,非随机性的系列研究显示双胎妊娠的CVS情况类似(67, 68)。最近一系统性的回顾估计,CVS和羊水穿刺的手术操作相关的妊娠丢失率估计为1%。采用CVS,有额外交叉污染或因不慎采了两个胎儿的样本而产生误导性结果的风险的可能;这一风险据估计约为1% (69)。

绒毛膜对评估多胎妊娠的风险非常重要。单绒毛膜双胎妊娠时,由于染色体核型不一致的可能性很低,患者可能会选择对一个胎儿进行核型分析,这会使咨询变得复杂。在这种情况下,讨论超声确定绒毛膜性的准确性就非常重要。在极的情况下,单绒毛膜双胎染色体异常可能不一致;这一不一致的发生率未知的。

在核型分析或染色微阵列芯片之后如何讨论意义不确定的变异?

包括超声、筛查检测和诊断检测在内的所有产前检测都可能得到意义不确定的结果。当这些所的遗传“临床意义不确定的变异”由核型分析或染色体微阵列芯片发现后,应该由知识渊博的医生来与患者讨论结果,医生需要对这些变异有清楚的了解,包括哪些是已知的哪些还是未知的。对临床意义不确定的变异的认识正在快速发展,转诊到遗传学专家进行会诊和咨询有助于患者的知情决策。

在羊水穿刺或绒毛取样的结果中染色体嵌合的比例是多少,又有何意义

色体嵌合,即在细胞遗传学分析时发现超过一个细胞系的存在,其在羊水穿刺样本中的发生率约为0.25%,在绒毛活检样本中约为1%  (70–72)。当胎儿样本污染了母体细胞就可能出现嵌合,造成假阳性的嵌合结果。可通过丢弃最初的1-2 ml的羊水样本,并小心将绒毛和母体蜕膜分开,这样可以最小化假阳性的结果。直接检测CVS样本嵌合率较高,而检测CVS培养的滋养层细胞的嵌合率要低得多。当CVS发现了嵌合体,通常会用羊水穿刺来确认羊水细胞是否存在嵌合体。在90%的案例里,羊水穿刺的结果是正常的,并且推测嵌合体是局限于滋养层,这种情况被称做胎盘特异性嵌合体(70)。虽然胎盘特异性嵌合体不太可能导致胎儿缺陷,但它意味着孕期胎儿生长受限的风险增高 (73)。胎盘特异性嵌合体还有可能与原本是三倍体的所谓的“三体自救trisomy rescue”相关。当这种情况生时,胎儿可是二倍体,但是单亲二倍体,这种情况下两条染色体都遗传自双亲中的同一方。三体自救和单亲二倍体有可能发生在任何染色体上,如果那条染色体上有印迹基因,这可能对胎儿产生影响。因此,当CVS检测到胎盘特异性嵌合体且染色体上带有已知的印迹基因,如Prader–Willi 综合征或 Angelman 综合征,后续需要检测单亲二倍体。如果来的三体所涉及的染色体不带有印迹基因,则胎儿表型通常是正常的。 

CVS检测到嵌合体而羊水培养细胞的核型分析正常,胎仍然有可能在其它细胞系存在嵌合体。真正的体细胞嵌合体,临床的表现取决于具体的嵌合细胞系,可以包括从完全正常到与异常染色体相一致的表型。对发现了染色体嵌合的患者的咨询是复杂的,在这些情况下建议他们进行遗传咨询特别重要。在过去,当CVS或羊水穿刺发现了染色体嵌合后,常常用脐穿刺来进一步评估;最近,人们意识到与羊水穿刺可能对结果产生误一样,脐穿刺对结果的预测没多帮助

对于那些声明不会因为胎儿异常而终止妊娠的患者,胎儿遗传性疾病产前诊断的好处、风险和注意事项是什么?

助做出终止妊娠的决定并不是产前诊断的唯一目的。这些检测为医生和患者提供了其它有用的信息。咨询应该是非指向性的、内容翔实,并且应该尊重患者出的任何决定。如果已经诊断为遗传异常,咨询的内容应当包括对这个家庭的教育和准备;产科处理建议,包括胎儿监测、分娩监护,以及分娩方式;如果有条件的话,转诊儿科专家以及交付三级医院分娩;收养或终止妊娠都可作为可选项;围产期保守治疗服务以及对已确诊的胎儿或无法长期存活的胎儿的分娩给予安慰与关爱(74)。

建议总结和结论

下面的建议和结论都建立在良好的和一致的科学证据 (Level A):

已经发现,染色体微阵列芯片可以在约1.7%的超声检测结果正常且核型分析正常的患者中检测到病性(或可能病性)的拷贝数变异,建议所有选择进行侵入性诊断检测的患者都提供染色体微阵列芯片分析。 

不建议进行早期的羊水穿刺(早于妊娠14周)。

当产前超声检测发现结构畸形,染色体微阵列片可以在约6%核型分析正常的胎儿中检测到临床意义显著的染色体结构异常。出于这个原因,对于因超声检测发现胎儿结构畸形而进行产前诊断的患者,染色体微阵列芯片应推荐作为主要检测(替代常规核型分析)。如果一个结构畸形强烈提示胎儿的特定的非整倍性(如,十二指肠闭锁或房室心脏缺陷,这是21三体综合征的特征 ),在染色体微阵列芯片分析之前,可以先做核型分析加FISH或核型分析。

下面的建议和结论是基于有限的或不一致的科学证据 (Level B):

异常的FISH结果不应该被认为是诊断性的。因此,基于FISH提供的信息做出的临床决策应当包括以下附加结果中的至少一个:确定的常规中期染色体分析或染色体微阵列芯片,或一致的临床信息(如异常的超声发现或唐氏综合征或18三体的筛查结果异常

在由经验丰富的医生操作的情况下,可归因于产前诊断方法的手术相关的妊娠丢失率目前估计约为0.1-0.3%。羊水穿刺和CVS两都的丢失率都非常低。

接受CART疗法的女当其病毒载量为检测不到时,羊水穿刺似乎并不会增加HIV传播的风险。

下面的建议和结论主要基于共识和专家的意见 (Level C):

不论母亲的年龄或其它风险因素,对所有孕妇都应该提供针对非整倍体产前评估的筛查或诊断检测。

产前遗传检测并不能确定胎儿的所有异常或问题,任何检测都应着眼于患者个体的风险、生的目和患者的意愿

怀孕后应尽早讨论基因检测,最理想的是在第一次产时,以便能够选则早孕期的检测方法

 


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染色体结构变异检测SVseq Fri, 27 Sep 2024 07:18:32 +0800 微信图片_20230403153632.jpg

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产前诊断研究 Fri, 27 Sep 2024 07:18:32 +0800



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广西妇幼保健院遗传代谢中心实验室 Fri, 27 Sep 2024 07:18:32 +0800 广西妇幼保健院遗传代谢中心实验室

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香港大学深圳医院产前诊断中心 Fri, 27 Sep 2024 07:18:32 +0800 香港大学深圳医院产前诊断中心

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重庆妇幼保健院产前筛查项目 Fri, 27 Sep 2024 07:18:32 +0800 重庆妇幼保健院产前筛查项目

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产前诊断研究 –ISCA V2 染色体微阵列芯片分析 Fri, 27 Sep 2024 07:18:32 +0800  产前诊断研究 –ISCA V2 染色体微阵列芯片分析

  


优势

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CMA概述

染色体基因芯片分析(CMA)是一种通过固定在玻片上的大量寡核苷酸 探针对染色体进行高解析度分析的技术方法。可以在全基因组范围内筛 查染色体微缺失和微重复等亚显微结构畸变。目前全球范围内最广泛采用的是基于比较基因组杂交的aCGH技术。 染色体异常是导致出生缺陷 的重要原因之一,异常染色体往往会造成胎儿的各式各样的先天畸形或 流产死胎等。产前诊断的染色体核型检查是相当重要的一项。但是由于传统核型分析的分辨率较低,大量的染色体微缺失/微重复异常引起的遗 传疾病需要通过高分辨率染色体芯片分析才能进行检测。通过染色体芯 片分析可以使先天异常胎儿的确诊率从3%提到到15-20%。

 

ISCA V2芯片特色



国际细胞遗传芯片标准化联盟(International Standards for Cytogenomic Arrays Consortium)简称ISCA联盟, 会员包括世 界各国的临床细胞遗传权威、分子诊断专家和知名临床检验实验室等。致力于共享先进的临床检验技术,建立临床症状和染色体芯片分 析数据库的共享。ISCA V2芯片采用的探针是国际专家挑选并反复验 证过适合临床分析的新一代染色体微阵列芯片。基于8x60K芯片规格 设计,包含18851个ISCA区域的探针和40208个基因组骨架探针。 靶向+全基因组骨架设计策略提高检测性能,异常检出率18%。平均 探针间距是60Kb,ISCA相关区域更加密集。

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流产物研究 –POChip染色体微阵列芯片分析 Fri, 27 Sep 2024 07:18:32 +0800  流产物研究 POChip染色体微阵列芯片分析

 

优势

· 全基因组范围检测染色体亚显微异常

 

· 基于金标准的aCGH技术

 

· 更高分辨率

 

· 更高的性价比

 

· 分析流程简单快速



CMA与流产物分析

        染色体基因芯片分析(CMA)是一种通过固定在玻片上的大量寡核苷酸探针对染色体进行高解析度分析的技术方法。可以在全基因组范围内筛 查染色体微缺失和微重复等亚显微结构畸变。遗传异常是反复性流产和死胎的重要因素,染色体异常引起的早期流产占60-70%。目前检测流 产和死胎组织最常用的方法仍是核型分析和FISH技术。但受到多方面的 限制导致检测效率低下,比如培养费时费力而且成功率低,不能检测微 缺失/微扩增,检测周期长,FISH无法检测全部染色体等等。美国妇产科医师学会(ACOG)与母胎医学学会(SMFM) 以及新英格兰医学杂志等权威机构都推荐用染色体芯片代替核型分析用于流产物和死胎的一线筛选。

 

POChip芯片特色

        该芯片是基于安捷伦经典的aCGH芯片技术,aCGH技术是染色体拷贝 数异常(CNV)检测的金标准。该芯片针对流产物和死胎中容易发生 非整倍体的13,18,20,21,22,X,Y等染色体进行了加密设计,更适 合用于流产组织的非整体检测,分辨率高达1Mb,并且针对性染色体 异常和流产物未知性别的特点进行了巧妙设计,性染色体异常的检测 结果更可靠。还有专门的嵌合体分析模式。同时我们进行实验流程的 优化,能在同一张芯片可以做更多的样本,使得流产物检测的性价比 更高。


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产前诊断研究 -BabyChip染色体微阵列芯片分析 Fri, 27 Sep 2024 07:18:32 +0800 产前诊断研究 -BabyChip染色体微阵列芯片分析

 

 优势

· 聚焦产前相关综合征和亚端粒区域


· 最小化临床意义不明的畸变的检出

 

· 更高性价比8x60K CGH+SNP芯片

 

· 可检测单亲二倍体

 

· 简易的实验流程和更高的样本通量

 

· 具有样本纠错的内参体系


CMA概述

染色体基因芯片分析(CMA)是一种通过固定在玻片上的大量寡核苷酸探针对 染色体进行高解析度分析的技术方法。除了可以确定常规核型能做到的非整 倍体和大片段结构异常,还可以在全基因组范围内筛查染色体微缺失和微重 复等亚显微结构畸变。目前全球范围内最广泛采用的是基于比较基因组杂交的aCGH技术。 染色体异常是导致出生缺陷的重要原因之一,异常染色体往往 会造成胎儿的各式各样的先天畸形或流产死胎等。产前诊断的染色体核型检查是相当重要的一项。但是由于传统核型分析的分辨率较低,大量的染色体 微缺失/微重复异常引起的遗传疾病需要通过高分辨率染色体芯片分析才能进 行检测。通过染色体芯片分析可以使先天异常胎儿的确诊率从 3%提到到15- 20%。


BabyChip特色

基于安捷伦公司aCGH技术(染色体拷贝数遗传和亚显微结构染色体畸 变检测的金标准)提供最稳定可靠的CMA结果和最佳的信噪比。芯片设 计基于国际上通用的ISCA芯片,并对产前相关综合征、亚端粒区域和 SRY/Xist/STAB2等基因进行加密设计, 移除了大量临床意义不明区域 的探针。优化的试剂进一步提高了结果稳定性,确保业内公认的400Kb以上CNV的检测,致病性CNV分析判断过程更加简单准确。8x60K 芯片上实现了包含了CGH+SNP探针,可以检测杂合性缺失和单亲二倍 体。每个样本中加入特定的Spike-in,配合相应软件可以对实验过程 中搞错的样本进行纠正,确保大量样本结果的可信度。


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儿科疾病诊断研究方案 Fri, 27 Sep 2024 07:18:32 +0800


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视网膜神经母细胞瘤研究 Fri, 27 Sep 2024 07:18:32 +0800


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